Pipeline yenye uwezo mkubwa kwa uchanganuzi wa jenomu za bakteria wanaotumika katika uzalishaji wa chakula

A Bacillus subtilis Aina iliyotengwa kutoka kwa vyakula vilivyochacha vya Kihindi bekang ni tofauti kifilojinetiki na aina za Kijapani natto bado inashiriki seti inayohusiana kwa karibu ya jeni nyongeza. Utafiti huu pia uliwasilisha bomba la kulinganisha-genomics kwa bakteria zinazotumika katika uzalishaji wa chakula.

Ili kuchunguza uanuwai katika Bacillus subtilis inayotumika katika uchachushaji wa chakula, utafiti awali ulikusanya jenomu 55 na kutumia aina 42 zilizodhibitiwa ubora, zenye maelezo mara kwa mara kwa uchanganuzi wake mkuu wa jeninomu na linganishi.

Asili na Matokeo Kuu

Kwa muhtasari wa jumla na hadithi ya ugunduzi huu, tafadhali rejelea viungo vifuatavyo:

• Press Release: Japanese “Natto” and Indian Traditional Food “Bekang” Bacteria: Genetically “Strangers” yet “Identical Twins”!?
• Hadithi ya Utafiti: Muunganisho wa "Natto" wa Kimataifa: Jinsi Bakuli la Maharage nchini Myanmar Lilivyoibua Ugunduzi wa Kijeni (Jumuiya za Utafiti wa Asili za Spring)

Uchanganuzi mkuu ulifafanua 26 za Kijapani natto zinazojitenga kama kundi la natto lenye akili finyu. Kipengee kimoja kutoka kwa vyakula vya kitamaduni vya Kihindi bekang (Food_IND_1) kiko nje ya safu ya natto katika filojeni ya msingi ya jenomu lakini kilikuwa ni jirani yake wa karibu wa utendaji kwa umbali wa Jaccard kulingana na uwepo/kutokuwepo kwa jeni la nyongeza. Aina 27 kwa pamoja zililinganishwa kama kikundi cha maana pana cha natto. Uhamisho wa jeni mlalo (HGT) na uhifadhi wa kuchagua ni maelezo yanayokubalika, si mbinu zinazoonyeshwa moja kwa moja hapa. Ufafanuzi wa kiutendaji uliegemea zaidi kwenye uchanganuzi wa ufafanuzi na uboreshaji, sio uchapaji wa moja kwa moja wa vitenge vingi vya bekang; ulinganisho wa bekang ni kifani cha n=1.

Mtiririko wa Kazi wa Kulinganisha-genomics

Mtiririko wa kazi wa ulinganishi wa jeni huunganisha upataji wa data ya umma, mkusanyiko wa jenomu, udhibiti wa ubora, na ufafanuzi kwa uchanganuzi wa panjinomu na ulinganisho wa filojeni na maudhui ya jeni.

• Utayarishaji wa data: Usomaji ghafi wa umma na rekodi za jenomu zilichakatwa kupitia mkusanyiko thabiti, udhibiti wa ubora na ufafanuzi.
• Ulinganisho wa filojinia na maudhui ya jeni: Filojeni ya msingi-jenomu iliunganishwa na nguzo za umbali za Jaccard kulingana na uwepo/kutokuwepo kwa jeni la nyongeza.
• Uchambuzi wa tofauti ya Mtahiniwa: Synteny, mitandao ya filojenetiki, na jeni mahususi za kikundi zilichunguzwa ili kulinganisha tofauti za watahiniwa kama vile indels, transposons, urudufishaji wa jeni, na vipunguzo.

Wigo wa Ushahidi na Matumizi Yanayowezekana

Ushahidi unabainisha uhusiano wa jeni na jeni za mgombea. Kuitumia kwa utendakazi wa uzalishaji, ladha, usalama, au udhibiti wa ubora kunahitaji uchapaji, majaribio ya uchachushaji, majaribio ya uzalishwaji tena na uthibitishaji katika mipangilio ya utengenezaji.

• Matumizi yanayowezekana: Mtiririko wa kazi unaweza kusaidia ulinganisho wa matatizo na kutoa dhahania kuhusu jeni au seti za jeni ambazo zinaweza kuhusishwa na phenotipu.
• Uthibitishaji unahitajika: Haitambui moja kwa moja utendaji wa mkazo, ubora wa bidhaa, au uchafuzi kutoka kwa data ya mfuatano pekee; uthibitishaji wa kiwango cha majaribio na utengenezaji unahitajika.

Kwa kuchanganya filojeni ya msingi-jenomu na utungaji wa jeni nyongeza, utafiti unaonyesha mtiririko wa juu wa ulinganishi wa jenomics ambao hutambua mfanano kati ya aina tofauti za kifilojenetiki za B. subtilis. Matokeo ya bekang ni uchunguzi kisa n=1, na dhana zake za utendaji zinahitaji uthibitisho zaidi.