খাদ্য উৎপাদনে ব্যবহৃত ব্যাকটেরিয়ার জিনোম বিশ্লেষণের জন্য উচ্চ-থ্রুপুট পাইপলাইন

A Bacillus subtilis ঐতিহ্যবাহী ভারতীয় গাঁজনযুক্ত খাবার থেকে বিচ্ছিন্ন bekang জাপানি natto স্ট্রেন থেকে ফাইলোজেনেটিকভাবে আলাদা তবুও আনুষঙ্গিক জিনের একটি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত সেট শেয়ার করে। এই গবেষণাটি খাদ্য উৎপাদনে ব্যবহৃত ব্যাকটেরিয়ার জন্য একটি দক্ষ তুলনামূলক-জিনোমিক্স পাইপলাইনও উপস্থাপন করেছে।

খাদ্য গাঁজনে ব্যবহৃত Bacillus subtilis-এর বৈচিত্র্য পরীক্ষা করতে গবেষণাটি প্রথমে 55টি জিনোম সংগ্রহ করে এবং প্রধান pangenome ও comparative-genomics বিশ্লেষণে মান-নিয়ন্ত্রিত ও ধারাবাহিকভাবে annotated 42টি strain ব্যবহার করে।

পটভূমি এবং প্রধান ফলাফল

একটি সাধারণ ওভারভিউ এবং এই আবিষ্কারের পিছনের গল্পের জন্য, অনুগ্রহ করে নিম্নলিখিত লিঙ্কগুলি দেখুন:

• Press Release: Japanese “Natto” and Indian Traditional Food “Bekang” Bacteria: Genetically “Strangers” yet “Identical Twins”!?
• গবেষণার গল্প: দ্য গ্লোবাল "ন্যাটো" সংযোগ: মায়ানমারে শিমের বাটি কীভাবে একটি জিনোমিক আবিষ্কারের জন্ম দিয়েছে (স্প্রিংগার প্রকৃতি গবেষণা সম্প্রদায়)

প্রধান বিশ্লেষণ সংজ্ঞায়িত 26 জাপানি natto সংকীর্ণ অর্থ natto গ্রুপ হিসাবে বিচ্ছিন্ন। ভারতীয় ঐতিহ্যবাহী খাদ্য bekang (Food_IND_1) থেকে একটি বিচ্ছিন্ন ছিল natto ক্লেডের বাইরে কোর-জিনোম ফাইলোজেনি কিন্তু আনুষঙ্গিক-জিনের উপস্থিতি/অনুপস্থিতির উপর ভিত্তি করে Jaccard দূরত্ব দ্বারা এটির নিকটতম কার্যকরী প্রতিবেশী ছিল। 27টি স্ট্রেনকে একত্রে একটি ব্রড সেন্স natto গ্রুপ হিসাবে তুলনা করা হয়েছিল। অনুভূমিক জিন স্থানান্তর (HGT) এবং নির্বাচনী ধারণ হল যুক্তিসঙ্গত ব্যাখ্যা, এখানে সরাসরি প্রদর্শিত প্রক্রিয়া নয়। কার্যকরী ব্যাখ্যাগুলি মূলত টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণের উপর ভিত্তি করে ছিল, একাধিক bekang বিচ্ছিন্নতার সরাসরি ফেনোটাইপিং নয়; bekang তুলনা হল একটি n=1 কেস স্টাডি।

তুলনামূলক-জিনোমিক্স ওয়ার্কফ্লো

তুলনামূলক-জিনোমিক্স ওয়ার্কফ্লো পাবলিক-ডেটা অধিগ্রহণ, জিনোম সমাবেশ, মান নিয়ন্ত্রণ, এবং প্যানজেনোম বিশ্লেষণ এবং ফাইলোজেনি এবং জিন বিষয়বস্তুর তুলনার সাথে টীকাকে একীভূত করে।

• ডেটা প্রস্তুতি: পাবলিক কাঁচা পড়া এবং জিনোম রেকর্ডগুলি ধারাবাহিক সমাবেশ, মান নিয়ন্ত্রণ এবং টীকা দ্বারা প্রক্রিয়া করা হয়েছিল।
• ফাইলোজেনি এবং জিনের বিষয়বস্তুর তুলনা: আনুষঙ্গিক-জিনের উপস্থিতি/অনুপস্থিতির উপর ভিত্তি করে Jaccard-দূরত্ব ক্লাস্টারিংয়ের সাথে কোর-জিনোম ফাইলোজেনি একত্রিত হয়েছিল।
• প্রার্থী-পার্থক্য বিশ্লেষণ: সিন্টেনি, ফাইলোজেনেটিক নেটওয়ার্ক এবং গ্রুপ-নির্দিষ্ট জিন পরীক্ষা করা হয়েছিল প্রার্থীর পার্থক্য যেমন ইন্ডেল, ট্রান্সপোসন, জিন ডুপ্লিকেশন এবং ট্রাঙ্কেশনের তুলনা করার জন্য।

প্রমাণ এবং সম্ভাব্য অ্যাপ্লিকেশনের সুযোগ

প্রমাণ জিনোমিক সম্পর্ক এবং প্রার্থী জিন সনাক্ত করে। উৎপাদন কর্মক্ষমতা, স্বাদ, নিরাপত্তা, বা মান নিয়ন্ত্রণে এটি প্রয়োগ করার জন্য ফেনোটাইপিং, গাঁজন পরীক্ষা, পুনরুৎপাদনযোগ্যতা পরীক্ষা এবং উত্পাদন সেটিংসে বৈধতা প্রয়োজন।

• সম্ভাব্য ব্যবহার: কর্মপ্রবাহ স্ট্রেন তুলনা সমর্থন করতে পারে এবং জিন বা জিন সেট সম্পর্কে অনুমান তৈরি করতে পারে যা ফিনোটাইপের সাথে যুক্ত হতে পারে।
• বৈধতা প্রয়োজন: এটি সরাসরি স্ট্রেন কর্মক্ষমতা, পণ্যের গুণমান, বা সিকোয়েন্স ডেটা থেকে দূষণ নির্ণয় করে না; পরীক্ষামূলক এবং উত্পাদন স্তরের বৈধতা প্রয়োজন।

সারাংশ

আনুষঙ্গিক-জিন রচনার সাথে কোর-জিনোম ফাইলোজনিকে একত্রিত করে, গবেষণাটি একটি উচ্চ-থ্রুপুট তুলনামূলক-জিনোমিক্স ওয়ার্কফ্লো উপস্থাপন করে যা ফাইলোজেনেটিকভাবে স্বতন্ত্র B. সাবটিলিস স্ট্রেনের মধ্যে মিল সনাক্ত করে। bekang ফলাফল হল একটি n=1 কেস স্টাডি, এবং এর কার্যকরী অনুমানগুলির আরও বৈধতা প্রয়োজন৷